La CECONSEC es la organización primigenia a nivel de los pueblos amazónicos del Perú, que se formó en 1979 como respuesta a las problemáticas y necesidades propias de las décadas pasadas que se caracterizaron por la presión colonizadora de la selva central, proceso que puso en riesgo el bienestar de los pueblos indígenas amazónicos, su cultura y la seguridad jurídica de sus territorios.

El surgimiento de la CECONSEC dio lugar a la formación de otras organizaciones indígenas en selva central, así como la creación de la Asociación Regional de Pueblos Indígenas de Selva Central – ARPI SEC, que se constituyó en 1980 como una federación macro regional que aglutina a las organizaciones indígenas de selva central, entre ellas a CECONSEC. En mayo de 1979 se formó una organización de ámbito nacional denominada Coordinadora de Comunidades Nativas de la Selva Peruana – COCONASEP, la misma que en enero de 1980 adopta la denominación de Asociación Interétnica de Desarrollo de la Selva Peruana – AIDESEP, de la que ARPI y otras organizaciones regionales forman parte. Cuatro años después en 1984, se crea la Coordinadora de las Organizaciones Indígenas de la Cuenca Amazónica – COICA, una organización de convergencia internacional que alberga a organizaciones nacionales de los países amazónicos.